Ngày 28/8/1945 Chính phủ lâm thời nước Việt Nam dân chủ cộng hoà được thành lập khi cuộc Tổng khởi nghĩa giành chính quyền thắng lợi. Trong thành phần Chính phủ lâm thời có Bộ Nội vụ, thực hiện nhiệm vụ xây dựng bộ máy nhà nước, bảo vệ chính quyền cách mạng.
Ở Phú Thọ, theo sự chỉ đạo của Chính Phủ lâm thời, UBHC cách mạng lâm thời của tỉnh được thành lập gồm 9 uỷ viên. Dưới sự lãnh đạo của các cấp uỷ Đảng chỉ sau 01 tháng bộ máy chính quyền từ cấp huyện đến cấp cơ sở đã được kiện toàn và củng cố theo chủ trương bỏ cấp tổng, hợp nhất các làng nhỏ thành 406 xã. Các cấp uỷ Đảng và chính quyền lâm thời tập trung lãnh đạo nhân dân chống giặc đói, giặc dốt, giặc ngoại xâm và lãnh đạo cuộc bầu cử Đại biểu Quốc hội, HĐND tỉnh, HĐND xã.
Cuối năm 1946 thực hiện chỉ thị Toàn Quốc kháng chiến, Phú Thọ thành lập Uỷ ban kháng chiến bên cạnh Uỷ ban hành chính để củng cố nhiệm vụ chung. Đến tháng 12/1947 thống nhất 2 Uỷ ban này thành Uỷ ban kháng chiến hành chính tỉnh với 24 ty, ngành chuyên môn giúp việc. Đối với ngành Nội vụ, lúc đầu chỉ có 1 số cán bộ đảm nhiệm công tác sau đó hình thành phòng Tổ chức cán bộ thuộc Văn phòng UB Hành chính tỉnh với nhiệm vụ tập trung vào việc củng cố tổ chức, sắp xếp lại các cấp chính quyền cho gọn nhẹ, tinh giản biên chế; sửa đổi lề lối làm việc; tăng cường giáo dục tư tưởng cho cán bộ và nhân dân.
Trong giai đoạn từ năm 1947 đến năm 1954 ngành Nội vụ đã tham mưu, giúp HĐND, UB kháng chiến hành chính tỉnh hướng dẫn, theo dõi, tổ chức thành công cuộc bầu cử HĐND tỉnh khóa II (tháng 2/1949), khóa III (tháng 9/1952) để bầu ra Uỷ ban kháng chiến hành chính cấp tỉnh. Đồng thời, công tác sắp xếp lại chính quyền địa phương được tăng cường, tỉnh Phú Thọ từ 461 làng được tổ chức lại thành 150 xã. Việc sửa đổi lề lối làm việc được đẩy mạnh và thu được nhiều kết quả khả quan. Ngành Nội vụ cũng tham mưu cho Uỷ ban kháng chiến hành chính tỉnh cử hàng trăm cán bộ, công chức tham gia các khóa đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn, nghiệp vụ. Đặc biệt tính đến tháng 8/1951 đã thực hiện xong việc giảm biên chế đối với chính quyền các cấp, ở tỉnh giảm từ 2.357 người (1950) xuống còn 1.795 người (1952).
Sau khi giải phóng hoàn toàn Miền Bắc (1954) theo Chỉ thị của Chính Phủ, Uỷ ban Hành chính kháng chiến được đổi tên thành Uỷ ban hành chính. Thời kỳ này công tác nội vụ tập trung vào việc ổn định đội ngũ cán bộ công nhân viên, thực hiện chế độ tiền lương, điều chỉnh biên chế, kiện toàn bộ máy các ngành, các cấp trong tỉnh góp phần làm cho bộ máy chính quyền từ tỉnh đến xã sớm ổn định, hoạt động có hiệu lực hiệu quả góp phần cùng toàn dân thực hiện thăng lợi nhiệm vụ khôi phục kinh tế và đẩy mạnh phát triển kinh tế xã hội của tỉnh.
Ngày 13-6-1963 Bộ Nội vụ ban hành Thông tư 15/NV chấn chỉnh tổ chức bộ máy, yêu cầu Uỷ ban hành chính đưa các công tác do Bộ Nội vụ chỉ đạo ở khu, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương vào một đầu mối tổ chức thống nhất lấy tên là Ban Tổ chức dân chính. Theo đó, Ban Tổ chức dân chính tỉnh Phú Thọ được thành lập với nhiệm vụ: xây dựng và kiện toàn tổ chức bộ máy của địa phương; phân nhiệm và phân cấp quản lý; xây dựng và sửa đổi chế độ công tác; nghiên cứu việc điều chỉnh địa giới; tổ chức phục vụ bầu cử, kiện toàn tổ chức chính quyền xã, huấn luyện các Uỷ viên Uỷ ban hành chính xã; quản lý phân bổ biên chế; quản lý cán bộ theo phân cấp; thi hành các chính sách cho cán bộ, công nhân viên chức, chính sách cho cán bộ xã, chính sách cho thương binh, liệt sỹ; chính sách về thể lệ, hộ tịch, lập hộ, chính sách về cứu tế và xã hội... Đây là mốc đánh dấu sự trưởng thành về quy mô, trách nhiệm của công tác tổ chức nhà nước của tỉnh.
Ngày 26 tháng 1 năm 1968, Ủy ban thường vụ Quốc hội nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra nghị quyết số 504-NQ/TVQH tiến hành hợp nhất hai tỉnh Phú Thọ và Vĩnh Phúc thành tỉnh Vĩnh Phú. Lúc này, Ban Tổ chức dân chính tỉnh Phú Thọ được hợp nhất với Ban Tổ chức dân chính tỉnh Vĩnh Phúc hình thành Ban Tổ chức dân chính tỉnh Vĩnh Phú, thực hiện nhiệm vụ ổn định tổ chức bộ máy, cán bộ, công chức của một tỉnh hợp nhất.
Ngày 6/3/1968 UBHC tỉnh Vĩnh Phú quyết định tách Ban Tổ chức - Dân chính thành Ban Thương binh Xã hội và Ban Tổ chức chính quyền tỉnh (theo QĐ số 01/QĐ – TC). Cơ cấu tổ chức của Ban thời kỳ này gồm các bộ phận: Tổ chức cán bộ, chính quyền địa phương, Tuyển sinh và đào tạo, Khen thưởng và hành chính quản trị. Trong giai đoạn này, chức năng, nhiệm vụ của Ban Tổ chức chính quyền tương đối rộng và nhiều mảng hoạt động bao gồm cả mảng hoạt động về thương binh – xã hội đó là: kiện toàn tổ chức bộ máy của các Ty, ngành cấp tỉnh và tổ chức chính quyền cấp huyện, xã; Hướng dẫn, theo dõi, tổ chức bầu cử Quốc Hội, HĐND, UBHC, UBND; Theo dõi, quản lý phân vạch địa giới hành chính; Công tác tuyển sinh, đào tạo; Công tác thi đua, khen thưởng; Quản lý công tác hộ tịch và lập hội quần chúng; Quản lý biên chế hành chính, sự nghiệp và cán bộ, công nhân viên nhà nước và thực hiện các nhiệm vụ về chính sách thương binh liệt sỹ, quân nhân phục viên, Việt kiều, đồng bào miền Nam tập kết, giải quyết tiền tuất, cứu tế xã hội. Cụ thể từ năm 1968 đến năm 1997, Ban đã giúp các cấp có thẩm quyền tham mưu tổ chức thành công 8 cuộc bầu cử đại biểu HĐND tỉnh với tổng số 860 đại biểu trúng cử; tham mưu giúp Uỷ Hành chính (từ 1977 là UBND tỉnh) ban hành một số nghị quyết về: củng cố chính quyền dân chủ nhân dân; phát động phong trào thi đua yêu nước; mở rộng địa giới hành chính thành phố Việt Trì và thị xã Vĩnh Yên; các nghị quyết đề nghị Chính Phủ phê chuẩn điều chính địa giới hành chính 1 số huyện….
Ngày 01/01/1997 Phú Thọ trở lại với địa danh truyền thống của mình trên cơ sở chia tách tỉnh Vĩnh Phú thành 2 tỉnh Vĩnh Phúc và Phú Thọ theo Nghị quyết Kỳ họp thứ 9 Quốc hội khoá IX. Theo đó, ngày 4/6/1997 UBND tỉnh Phú Thọ đã ban hành Quyết định số 729/QĐ – UB quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hành và tổ chức bộ máy của Ban Tổ chức chính quyền tỉnh. Nhiệm vụ cơ bản tập trung là ổn định tổ chức bộ máy và cán bộ của các sở, ban ngành cấp tỉnh và Uỷ ban nhân dân các huyện, thành phố, thị xã; nhanh chóng đưa mọi hoạt động của một tỉnh vừa mới được chia tách trở lại hoạt động bình thường và từng bước đi lên. Cơ cấu tổ chức của Ban thời kỳ này gồm 4 phòng: Phòng Tổ chức Cán bộ, Phòng Xây dựng chính quyền, Phòng Đào tạo cán bộ và công chức nhà nước, Phòng Hành chính Tổng hợp.
Đến ngày 04/12/2003, thực hiện Quyết định số 248/2003/QĐ-TTg ngày 20/11/2003 của Thủ tướng Chính phủ, UBND tỉnh Phú Thọ đã ban hành Quyết định số 4095/QĐ-UB về việc đổi tên Ban Tổ chức chính quyền thành Sở Nội vụ. Sau đó ngày 15/5/2005 UBND tỉnh đã ban hành Quyết định số 1261/2005/QĐ-UB về việc quy định vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Sở Nội vụ. Sở Nội vụ được xác định là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh có chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về công tác nội vụ, bao gồm các lĩnh vực: Tổ chức bộ máy các cơ quan hành chính, sự nghiệp; tổ chức chính quyền địa phương; địa giới hành chính; cán bộ, công chức, viên chức nhà nước; cán bộ, công chức xã, phường, thị trấn; tổ chức hội và tổ chức phi Chính phủ; các dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý của Sở.
Theo mô hình tổ chức sở đa ngành, đa lĩnh vực trước yêu cầu cải cách hành chính nhà nước, cơ cấu tổ chức và chức năng nhiệm vụ của Sở Nội vụ được bổ sung và kiện toàn. Ngày 16/02/2006 UBND tỉnh ban hành Quyết định số 436/2006/QĐ - UBND thành lập phòng Cải cách hành chính thuộc Sở; ngày 16/4/2008 UBND tỉnh Phú Thọ đã ban hành quyết định số 1020/2008/QĐ – UBND sáp nhập Ban Thi đua - Khen thưởng tỉnh và bộ phận làm công tác tôn giáo của Ban Dân tộc – Tôn giáo vào Sở Nội vụ; chuyển chức năng quản lý nhà nước về Văn thư, lưu trữ nhà nước và Trung tâm lưu trữ từ Văn phòng UBND tỉnh sang Sở Nội vụ (theo Quyết định số 179/2009/QĐ – UBND ngày 20/01/2009). Đến tháng 6/2011, UBND tỉnh ra quyết định thành lập thêm phòng Công tác Thanh niên thuộc Sở.
Đến nay, từ 1 Sở quản lý đơn ngành, Sở Nội vụ đang thực hiện chức năng quản lý nhà nước đa ngành, đa lĩnh vực. Sở Nội vụ được xác định cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quản lý nhà nước về: Tổ chức bộ máy; vị trí việc làm; biên chế công chức, cơ cấu ngạch công chức trong các cơ quan, tổ chức hành chính; vị trí việc làm, cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp và số lượng người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp công lập; tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức, lao động hợp đồng trong cơ quan, tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập; cải cách hành chính, cải cách chế độ công vụ, công chức; chính quyền địa phương; địa giới hành chính; cán bộ, công chức, viên chức và cán bộ, công chức xã, phường, thị trấn (sau đây gọi chung là cấp xã); đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức và cán bộ, công chức cấp xã; những người hoạt động không chuyên trách ở cấp xã; tổ chức hội, tổ chức phi chính phủ; văn thư, lưu trữ nhà nước; tôn giáo; thi đua - khen thưởng và công tác thanh niên. Cơ cấu tổ chức của Sở gồm có 8 phòng chuyên môn và 3 đơn vị trực thuộc với tổng số 86 cán bộ, công chức, viên chức. Song song với việc củng cố, kiện toàn về cơ cấu tổ chức, đội ngũ công chức, viên chức của Sở cũng ngày càng được nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ và lý luận chính trị. Về trình độ chuyên môn, hiện toàn sở cho 10 đồng chí thạc sỹ, đang học thạc sỹ 3 đồng chí; Đại học 64 đồng chí; Cao đẳng 1 đồng chí; Trung cấp, sơ cấp 8 đồng chí. Về trình độ lý luận chính trị: cử nhân và cao cấp 26 đồng chí; trung cấp 16 đồng chí.
Đối với UBND cấp huyện, Phòng Nội vụ là cơ quan chuyên môn có chức năng tham mưu, giúp UBND cấp huyện thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực nội vụ ở địa phương.